垂直電泳槽一般來說主要是用于對少量核酸及蛋白質(zhì)樣品進行垂直電泳，主要是蛋白樣品的電泳，在進行種子的有些試驗中會用到。垂直電泳槽從特點上來看，其中間是夾在一起的兩塊玻璃板，玻璃板兩邊由墊條隔開，在玻璃平板中間制備電泳凝膠，凝膠的大小通常是12cm～14 cm，厚度1mm～2 mm，近年來新研制的電泳槽，膠面更小、更薄，以節(jié)省試劑和縮短電泳時間。制膠時在凝膠溶液中放一個塑料梳子，在膠聚合后移去，形成上樣品的凹槽。

　　垂直電泳槽是一種與圓盤電泳槽在原理與結(jié)構(gòu)上略有相似，卻在制膠和電泳方面存在某些差異的電泳槽種類中的一種。它一般被應(yīng)用于分子生物學等領(lǐng)域。由于垂直電泳槽在使用過程中的要求較高，在使用時應(yīng)當注意一些事項。

　　1、分離膠濃度的選擇。低濃度膠對大分子量蛋白質(zhì)分離效果好：高濃度膠對小分子量蛋白質(zhì)分離效果好；

　　2、清洗玻璃板。玻璃板應(yīng)清洗干凈，玻璃表面的油污會造成分離膠與濃縮膠界面的不平整。經(jīng)用去污劑洗滌后的玻璃板先用蒸餾水沖洗，再用紗布蘸乙醇擦拭玻璃表面；

　　3、TEMED的加入量。TEMED是促進丙烯酰胺聚合的加速劑。加*果隨試劑保存時間而變化。對于陳舊試劑，可適當多加。事實上，配制分離膠時每塊膠板按2滴加入，效果也不錯；

　　4、丙烯酰胺的毒性。丙烯酰胺和甲叉雙丙烯酰胺都是神經(jīng)性毒劑，對皮膚有刺激作用。但在形成凝膠后則無毒。操作時應(yīng)戴橡膠或塑料手套，盡量避免接觸皮膚，并注意實驗后洗手；

　　5、電極緩沖液的配制。電極緩沖液的用量大、占體積、配制麻煩。如果經(jīng)常跑膠，可考慮配制5X濃度的濃縮液。方法如下：將144g甘氨酸和30﹒2gTris溶于1升蒸餾水中。使用時稀釋5倍。